গণপূর্ত অধিদপ্তর একজন প্রধান প্রকৌশলীর নেতৃত্বে পরিচালিত হয়। তাকে সহায়তার জন্য সারাদেশ জুড়ে রয়েছেন ১৪ জন অতিরিক্ত প্রধান প্রকৌশলী (সিভিল), ২ জন অতিরিক্ত প্রধান প্রকৌশলী (ই/এম),৪৬ জন তত্ত্বাবধায়ক প্রকৌশলী,১৬১ জন নির্বাহী প্রকৌশলী,২৮৭ জন উপ-বিভাগীয় প্রকৌশলী,৪২০ জন সহকারী প্রকৌশলী, ১২৪৭ জন উপ-সহকারী প্রকৌশলী এবং অন্যান্য কর্মীবৃন্দ। মাঠ পর্যায়ের অফিসগুলো সিভিল ওয়ার্কিং ইউনিট এবং ইলেক্ট্রো মেকানিক্যাল (ই/এম)ওয়ার্কিং ইউনিটে বিভক্ত। মাঠপর্যায়ে এগারটি জোনাল (বিভাগীয়) হেড কোয়ার্টারে এগারজন জোনাল অতিরিক্ত প্রধান প্রকৌশলী রয়েছেন যাদের অধীনে সিভিল এবং ইলেক্ট্রোমেকানিক্যাল কাজের জন্য তত্ত্বাবধায়ক প্রকৌশলী, নির্বাহী প্রকৌশলী, উপ-বিভাগীয় প্রকৌশলী, সহকারী প্রকৌশলী, উপ-সহকারী প্রকৌশলী রয়েছেন। গণপূর্ত অধিদপ্তরের প্রশাসনিক নিয়ন্ত্রণ গৃহায়ণ ও গণপূর্ত মন্ত্রনালয়ের উপর ন্যস্ত রয়েছে।  

প্রধান প্রকৌশলী এই অধিদপ্তরের প্রশাসনিক ও কারিগরী প্রধান। তিনি বাংলাদেশ সরকারের কারিগরী উপদেষ্টা হিসেবেও দায়িত্ব পালন করেন। তাঁর পরের অনুশাসনে আছেন ১৬ জন অতিরিক্ত প্রধান প্রকৌশলী। প্রত্যেক অতিরিক্ত প্রধান প্রকৌশলীর অধীনে  আলাদা তত্ত্বাবধায়ক প্রকৌশলী, নির্বাহী প্রকৌশলী, উপ-বিভাগীয় প্রকৌশলী, সহকারী প্রকৌশলীর ক্রমোচ্চ শ্রেণীবিভাগ রয়েছে।

গণপূর্ত অধিদপ্তরের অপারেশনাল ইউনিটগুলো সারা দেশজুড়ে ছড়িয়ে আছে। প্রকল্প বাস্তবায়নে কারিগরী, প্রশাসনিক ও তত্ত্বাবধানের অধিকতর নিয়ন্ত্রণ এবং ব্যবহারকারীর সন্তুষ্টি বিধান করার জন্য মাঠ পর্যায়ের অফিসগুলো জোন, সার্কেল, ডিভিশন ও সাব-ডিভিশন নিয়ে গঠিত।